联合工程研究中心是以中南大学为依托的非法人机构，工程研究中心与依托单位、上级主管部门的关系不变，整合校内相关机构，在校内设立独立财务账户、独立核算，享有人事、分配、奖励和管理自主权的相对独立机构。
1. 管理委员会
成立管理委员会作为工程研究中心的决策机构，负责选定和调整发展方向，制定工程研究中心发展规划和年度计划，确定工程研究中心管理章程和各项管理制度，监督和审查财务预决算，具体名单如下：
联合工程研究中心管理委员会名单：
主任：周科朝 中南大学副校长
委员：赵江龙 中车株洲电力机车有限公司科技管理部部长
曹志伟 中车青岛四方机车车辆股份有限公司科技管理部部长
王树斌 中车长春轨道客车股份有限公司科技管理部部长
陈春阳 中南大学副校长 教授
陈治亚 中南大学党委副书记 教授
李亮 中南大学党委副书记纪委书记 教授
梁习锋 中南大学交通运输工程学院教授
高广军 中南大学交通运输工程学院院长 教授
李启厚 中南大学科学研究部副部长 教授
杨彦 中南大学铁道校区管委会主任研究员
董龙云 中南大学铁道校区管委会书记研究员
2. 技术指导委员会
聘请来自国内外高水平大学、科研院所、轨道交通制造单位的21位专家，组成专家指导委员会作为工程研究中心的技术顾问机构，指导工程研究中心研究发展方向，审定科技攻关、成果产业化项目技术方案、组织国内外学术交流，具体名单如下：
联合工程研究中心专家指导委员会名单：
主任：马伟明 海军工程大学工程院院士
副主任：索建国 中车株洲电力机车有限公司总工
梁建英 中车青岛四方机车车辆股份有限公司总工
刘长青 中车长春轨道客车股份有限公司总工
成员：
Frieder Seible Monash University 副校长 教授
Dingqing Li TTCI 高级研究员
Yimin Xie RMIT University (Australia)，Fellow of the Australian Academy of Technological Sciences and Engineering
John Sheridan Monash University (Australia)
陈春阳 中南大学副校长 教授
李亮 中南大学副书记 教授
陈治亚 中南大学副书记 教授
高广军 中南大学交通运输工程学院院长 教授
钱征宇 中国铁路总公司科技管理部副主任
龚明 中国中车中央研究院院长
丁叁叁 中车青岛四方机车车辆股份有限公司中车科学家
杨颖 中车株洲电力机车有限公司中车科学家
王金田 中车长春轨道客车股份有限公司中车科学家
李明高 中车唐山机车车辆有限公司总工程师
许尚农 长沙市轨道交通集团总工程师
张志良 广州地下铁道总公司总工程师
陈湘生 深圳地铁集团总工程师
3. 日常管理机构
联合工程研究中心实行管理委员会领导下的主任负责制，设主任1 名、常务副主任1 名、副主任2 名。实验室主任、常务副主任、副主任负责全面落实管理委员会各项决策，具体负责实验室经费、人员、设备等资源的有效聚集和合理配置，科学研究、队伍建设、人才培养、国际交流等各项任务的落实，提供人力资源管理、科研服务、财务管理、条件保障等相关管理服务工作。
联合工程研究中心主任、副主任名单：
主任：高广军 中南大学交通运输工程学院院长 教授
副主任： 梁习锋 中南大学教授
姚松 中南大学教授
秦进 中南大学教授
邹金峰 中南大学教授
联合工程研究中心下设办公室、技术实验室、产品研发基地、产品推广部、人力资源部、项目管理部、财务部，各部门有着严格的管理制度。
① 办公室：主要负责中心人事、行政事务及日常事务管理，组织对外科技交流和行业的各种学术会议，负责各种规范的制定、考核评估办法及奖励措施，负责专家指导委员会、实验室主任等交给的其他任务。
② 技术实验室：负责各类项目、技术成果的申报及研究开发，完成联合工程研究中心规模的技术成型及相关基础理论的技术支撑，并提供合理的实施计划，为实现工程化、产业化创造条件。
③ 产品研发基地：负责组织、落实联合工程研究中心科技成果的应用研究，主要针对联合工程研究中心的实施计划进行具体的操作。
④ 产品推广部：负责与企业及运用单位联系，将研究成果推广到相应的企业。
⑤ 人力资源部：负责制订人才引进计划、实施人才培训和人员管理。
⑥ 项目管理部：负责纵向课题的立项申报、科技管理等事务。
⑦ 财务部：负责中心资金和资产管理，成本核算和成本控制、制定财务预决算及年度申报工作。